Schon zu Beginn des vorigen Jahrhunderts, im Jahre 1902, machte sich die Stadtgemeinde Lienz Gedanken über den Neubau eines Schulhauses im Stadtgebiet. Dabei war vorgesehen, ein Grundstück in der Defreggerstraße Ecke Alleestraße zu bebauen.

Heftiger Widerstand regte sich – das Gebäude stehe viel zu weit außerhalb des Stadtzentrums und außerdem werde es zu sehr von den kirchlichen Einrichtungen entfernt. Trotzdem kam es am 18.5.1902 zum Baubeschluss in der Defreggerstraße. Ein Jahr später, nach Revidierung des ersten Bescheides, wurde schließlich im Zentrum nahe des Franziskanerklosters gebaut.
Bauführung und Offerte waren rasch vergeben und noch im selben Jahr wurde der Rohbau fertiggestellt. Bereits knapp ein Jahr später, am 11. Oktober 1904, konnten Lehrer und Schüler in das neu errichtete Haus einziehen.

Viele verschiedene Schulen und Institutionen waren seither in diesen ehrwürdigen Gemäuern untergebracht, so zum Beispiel:
 >Knabenvolks- und Gewerbeschule (1904-1955)
 >Mädchenvolks- (1912-1934), Knabenbürger- (1919-1927) und Handelsschule (1919-1925)
 >Privatgymnasium der Augustiner Chorherren (1926-1929)
 >Oberschule f. Jungen (=Gymnasium: 1941-1945) und Städtische Wirtschaftsschule (1941-1945)
 >Knaben- (1927-1969) und Mädchenhauptschule (1941-1984)
 >Hautschule Lienz Zentrum (gemischte Klassen, ab 1984)
 >Juni 1997 Änderung des Namens auf: Hauptschule Egger Lienz

An anderen Institutionen waren oder sind unterbracht:
 >Standschützenkaserne (1915), Kaserne f. Soldaten (1918)
 >Städtisches Museum (1922-1938) u. Reservelazarett (1939,1942,1945)
 >Bezirksbildstelle – heute Medienzentrum (ab 1939)
 >Volkshochschule Lienz (ab 1953)

Im Jahre 1911 wurde mit dem Aufbau von zwei Stockwerken über der westseitigen Turnhalle begonnen, und darin ab dem Schuljahr 1912/13 die öffentliche Mädchenvolksschule untergebracht. Allerdings hatte dieses „Konkurrenzunternehmen“ schon aus weltanschaulichen Gründen gegeüber der alten Mädchenvolksschule der Dominikanerinnen von Anfang an einen schweren Stand. Da diese im Volksmund sogenannte „Mädchenschule“ auf immer weniger Klassen schrumpfte, wurde gemäß Gemeinderatsbeschluss vom 3. Juli 1934, im Einvernehmen mit der Landesregierung verfügt, dass ab dem Schuljahr 1934/35 wieder „…alle Mädchen in die Volksschule der Dominikanerinnen zu gehen haben!…“
Während des zweiten Weltkrieges kam es besonders in den letzten Kriegsjahren zu Beschädigungen am Schulgebäude, das nach Ende des Krieges bis Ende November 1945 instandgesetzt wurde. Deshalb begann das neue Schuljahr erst am 1.12.1945.
Zwischenzeitlich kam es immer wieder zu kleineren Aus- (neue Fenster) und Zubauten (Schulküche, Schulwartwohnung).

Übersicht – Schüler- bzw Klassenzahlen:

Schuljahr 1957/58: 250 Schülerinnen in 7 Klassen
Schuljahr 1979/80: 642 Schülerinnen in 22 Klassen
Schuljahr 1984/85: 449 Schüler u. Schülerinnen in 18 Klassen
Schuljahr 2002/03: 278 Schüler u. Schülerinnen in 12 Klassen

Schuljahr 2009/10: 231 Schüler u. Schülerinnen in 12 Klassen Fotos aus Festschrift, anlässlich der 80 Jahr Feier, bzw. Stotter Johann.

Mit Beginn des Schuljahres 2013/13 wird aus der Hauptschule Egger-Lienz die Neue Mittelschule Egger-Lienz. Die ersten Klassen werden in den Hauptfächern von zwei Lehrern im Teamteaching unterrichtet, zweite bis vierte Klassen werden noch mit Leistungsgruppen geführt.
Seit Beginn des Schuljahres heißt die Bildungseinrichtung „Mittelschule Egger-Lienz“.