Bogat biljni i životinjski svijet omogućuje posjetiteljima Nacionalnog parka Brijuni povratak prirodi i zakonitostima koje u njoj vladaju. Na otočju raste više od 400 biljnih vrsta, dok faunu čine mnogobrojne autohtone i alohtone životinjske vrste.

Više od šest tisućljeća ljudskoga djelovanja ostavilo je neizbrisiv trag na Brijunima. Blaga klima i pogodni geografski uvjeti osigurali su kontinuitet djelovanja čovjeka na otoku od prapovijesti do najnovijega doba. Iako je otočje površine tek nešto veće od 7 km2, ovdje su evidentirani brojni lokaliteti i arheološki objekti od razdoblja prvoga neolitskog naselja poluzemunica do srednjega vijeka.

Podmorje čini 80 % zaštićenog područja

Nedovoljno poznate vrijednosti Brijuna sakrivene ispod morske površine, koja čini gotovo 80 % zaštićenog područja. Značajno za sjeverni Jadran, podmorje je vrlo plitko i dostiže najveću dubinu od 50 metara, ali velika dubina nije presudna za biološko bogatstvo, baš suprotno. Kao i obližnja zapadna obala Istre, podmorje Brijuna obiluje vrlo različitim staništima i njima prilagođenim vrstama. Ovaj najsjeverniji i najhladniji dio Sredozemnog mora određen je i golemim riječnim unosima hranjivih soli, što omogućuju veliku brojnost morskih organizama. Iako je sam broj vrsta manji u odnosu na južnije dijelove Jadrana, dugogodišnja provedba ciljanih mjera zaštite stvorila je od brijunskog podmorja jedno od žarišta bioraznolikosti čiji se pozitivni utjecaji odražavaju i na okolno nezaštićeno morsko područje.