Ajdovska gimnazija ima korenine v povojni nižji gimnaziji, v šolskem letu 1951/52 pa je začela delovati tudi višja gimnazija. Leta 1959 so gimnazijo ukinili, nadomestila jo je ekonomska šola, ustanovljena leta 1957. Leta 1968 se ta program prenese v Novo Gorico.

Ponovno uvajanje gimnazije sega v leto 1964. Pomembni leti v kroniki naše šole sta leto 1971, ko šola dobi ime po ajdovskem rojaku Venu Pilonu, slikarju in grafiku. Leta 1982, se šola seli v nove šolske prostore na današnji lokaciji.

Sprememb programov je bilo kar nekaj. Povzročilo jih je pomanjkanje dijakov in s tem ukinjanje programov ter uvajanje novih programov. Nekatere spremembe pa so bile odraz družbenega razvoja in spreminjanja šolskega sistema.