Naš prvotni samostan na Gornjem Gradu [Griču], – koji je bio osnovan polaganjem kamena temeljca 5. svibnja 1618. godine i crkva koja je bila posvećena 10. kolovoza 1631. g. u čast Bezgrešnog Začeća BDM. – prvih godina XIX. st., braća su bila prisiljena napustiti zbog nenaklonosti vremena te je odredbom kraljevske blagajne sve, zajedno sa samostanskim vrtom, stavljeno na svjetovnu uporabu.
Nakon punih 150 godina braća kapucini se ponovno vraćaju u Zagreb zaslugom zagrebačkog nadbiskupa Alojzija Stepinca. U zagrebačkoj Dubravi on osnova župu sv. Mihaela arkanđela i upravljanje povjerava našoj braći. Prema odluci Kongregacije za redovnike, dana 22. veljače 1941. izgrađena je crkva u čast sv. Mihaela arkanđela, o trošku, velikim dijelom samoga nadbiskupa Alojzija Stepinca. Poslije, zahvaljujući istom Nadbiskupu, po polaganju temelja, gotovo iste, ali i sljedećih godina, podignut je i novi samostan uz pomoć milodara dobrih ljudi, ali i nastojanjem fra Maksa Mašića.
Prvog dana 1942. godine novu crkvu je blagoslovio isti zagrebački nadbiskup Alojzije Stepinac. Poslije svečanog euharistijskog slavlja, uz sudjelovanje klera i velikog mnoštva naroda, proglašena je i nova župa u čast sv. Mihaela arkanđela, koja je, prema odluci, bila ustanovljena 17. prosinca 1941. godine te je kao takva pritjelovljena našem Redu i Provinciji.
U Hrvatsku su franjevci kapucini najprije došli u Rijeku, gdje 1610. g. grade samostan. U Zagreb, na Gornji grad, dolaze 1618., gdje djeluju do 1788. g. kada je samostan odredbom cara Josipa II. raspušten te predan vojsci za Austrijsko-turskog rata (1787-1791).
U Varaždin dolaze 1699., u Osijek 1703., a u Karlobag 1710. g. Početkom 20. stoljeća riječki samostan pod vodstvom fra Bernardina Škrivanića († 1932.) postaje središnjim samostanom hrvatskih kapucina i žarištem vjerske i kulturne obnove u Hrvatskoj. Njegovim nastojanjem braća kapucini dolaze i u Split (1908.) i Dubrovnik (1913) gdje otvaraju svoje samostane. Zaslugom bl. Alojzija Stepinca kapucini se 1941. g. ponovno vraćaju i u Zagreb, u Dubravu, gdje grade Crkvu i samostan sv. Mihaela.
Godine 1967. zajedničke kapucinska »Ilirska provincija«, koja je okupljala hrvatske i slovenske samostane, dijeli se na hrvatski odn. slovenski komesarijat (povjerenstvo). Generalni ministar Reda fra Pashal Rywalski hrvatski komesarijat 1974. g. proglašava samostalnom provincijom pod zaštitom sv. Leopolda Bogdana Mandića.
